La veine saphène accessoire est liée à la grande veine saphène, qui lui est parallèle et située dans la jambe et la cuisse. La grande veine saphène est une grande veine superficielle (près de la surface de la peau) qui prend naissance là où l’arcade veineuse dorsale du pied se confond avec la veine dorsale du gros orteil. Il remonte le côté médial de la jambe (plus près du milieu) après être passé antérieurement à la malléole médiale, une projection osseuse à l’intérieur de chaque cheville. La veine saphène accessoire la rejoint immédiatement avant qu'elle ne se jette dans la veine fémorale.
Lorsque la veine saphène accessoire atteint le genou, elle se déplace en arrière le long des parties internes du genou et de la cuisse et enfin à travers le bord postérieur de l'épicondyle médial de l'os du fémur, une projection osseuse arrondie à l'extrémité inférieure (distale) du fémur où elle se connecte au genou. La veine saphène accessoire se déplace ensuite vers la surface avant de la cuisse avant de pénétrer dans le hiatus saphène, une ouverture de forme ovale dans le fascia lata de la cuisse. Le fascia lata est une couche de tissu conjonctif fibreux qui enveloppe les muscles de la cuisse. La veine se fixe alors à la veine fémorale dans la jonction saphéno-fémorale du triangle fémoral. Le triangle fémoral est une dépression dans la partie supérieure de l'intérieur de la cuisse qui contient le nerf fémoral, l'artère et les veines ainsi que les ganglions lymphatiques et les vaisseaux.
La grande veine saphène accessoire se ramifie en veines plus petites en fibre élastique. Ces veines ont des cellules musculaires diminuées et des parois minces. Elles sont souvent à l'origine de varices, qui se développent lorsqu'elles se dilatent.